Должны ли НКО учитывать субсидии, полученные из бюджетов бюджетной системы Российской федерации, при определении объекта налогообложения?

Некоммерческая организация, применяющая упрощенную систему налогообложения с объектом налогообложения доходы, уменьшенные на величину расходов, обратилась в Департамент налоговой и таможенно-тарифной политики Минфина России с просьбой  разъяснить правильность  исчисления и уплаты налога.

НКО сообщила, что собственных доходов не имеет, финансируется администрацией района. Организации предоставлена субсидия.
По мнению НКО, предоставленная субсидия, является целевой - направлена на осуществление деятельности согласно уставу. Субсидию можно признать средством целевого финансирования и не учитывать при определении объекта налогообложения. Налог, подлежащий уплате по декларации за 2012 год, должен быть равен нулю, минимальный налог в размере 1% начислению и уплате не подлежит.
 
Мнение Департамента налоговой и таможенно-тарифной политики (см. Письмо Департамента налоговой и таможенно-тарифной      политики Минфина РФ от 11 марта 2013 г. N 03-11-06/2/7127):
Налогоплательщики, применяющие УСН, в соответствии со статьей 346.15 Налогового кодекса РФ (далее – НК РФ) должны включать в состав доходов, учитываемых при определении объекта налогообложения, доходы от реализации (статья 249 НК РФ) и внереализационные доходы (статья 250 НК РФ). Доходы, указанные в статье 251 НК РФ, при определении объекта налогообложения не учитываются.
Согласно пункту 2 статьи 251 НК РФ при определении налоговой базы не учитываются целевые поступления. К целевым поступлениям подпунктом 3 пункта 2 статьи 251 НК РФ отнесены средства, предоставленные из федерального бюджета, бюджетов субъектов Российской Федерации, местных бюджетов, бюджетов государственных внебюджетных фондов, на осуществление уставной деятельности некоммерческих организаций.
Таким образом, поскольку субсидии предоставлены некоммерческой организации безвозмездно на осуществление уставной деятельности, при ведении раздельного учета указанные средства не учитываются при определении налоговой базы по налогу, уплачиваемому в связи с применением упрощенной системы налогообложения.
 
Комментарий налогового консультанта НП «ЮГО» Зои Ивановны Давыдовой:
Департамент в письме, основываясь на вышеназванных нормах Налогового кодекса РФ, указывает, что при определении налоговой базы по налогу, уплачиваемому в связи с применением УСН,  не учитываются субсидии, предоставленные НКО безвозмездно на осуществление уставной деятельности. При этом основанием  этого, по мнению Департамента, является подпункт 3 пункта 2 статьи 251 НК РФ, в то время как к целевым поступлениям  данным подпунктом отнесены средства, предоставляемые из бюджетов бюджетной системы Российской Федерации на осуществление уставной деятельности некоммерческих организаций, а не субсидии.
Бюджетный кодекс РФ не содержит нормы, в соответствии с которой субсидии НКО могут быть предоставлены безвозмездно на осуществление уставной деятельности.
Таким образом, субсидии, предоставленные НКО из бюджета,  не могут  быть отнесены к целевым поступлениям.